水環(huán)境監(jiān)測分析主要有化學方法、物理方法和生物方法等三種手段。前兩種方法在環(huán)境監(jiān)測部門應用較普遍。化學方法有化學分析法和儀器分析法兩種，化學分析法以物質(zhì)的化學特性為基礎，適用于常量分析，設備簡單，準確度高，但操作比較費時；儀器分析法以物質(zhì)的物理或物理化學特性為基礎，使用特定儀器分析，常用的有比色分析、分光光度分析、原子吸收光譜分析、色譜分析、電位分析、極譜分析和質(zhì)譜分析等。這些方法適用于快速分析和微量分析，但設備昂貴、樣品前處理較復雜、不能進行野外分析。物理方法（如遙感技術）一般只能作定性描述，必須與化學方法相配合，才能快速、大范圍地描述水體的狀況。

生物方法是根據(jù)生物與環(huán)境相適應的原理，通過測定水生生物的變化，間接判斷水質(zhì)。比較常用的方法有：1、指示生物法。指示生物指在一定的水環(huán)境中生活、當水環(huán)境質(zhì)量發(fā)生變化時便敏感地呈現(xiàn)出受害癥狀甚**消亡的生物。觀察和測定指示生物個體和種群的變化，可以比較準確地判斷出環(huán)境質(zhì)量狀況。2、群落結(jié)構法。群落結(jié)構指存在于自然界一定范圍(或地域)內(nèi)互相依存的一定種類的動物、植物和微生物的組成。監(jiān)測水生生物的這種群落結(jié)構的變化可判斷水質(zhì)狀況。3、生物測試法。即利用水生生物受到污染物的毒害后，產(chǎn)生生理機能變化的癥狀來判斷水體污染狀況。4、殘毒測定法。生物從環(huán)境中吸收各種污染物質(zhì)，經(jīng)過體內(nèi)遷移、轉(zhuǎn)化和再分配，以殘毒形式蓄積在生物體內(nèi)。生物體內(nèi)的殘毒含量往往比周圍環(huán)境中的相應含量高好多倍。測定生物體內(nèi)的殘毒含量，可判斷水受污染的狀況。  

近20年來，我們結(jié)合部分常規(guī)水質(zhì)監(jiān)測和環(huán)境影響評價的現(xiàn)狀監(jiān)測，在珠江三角洲出海口門、山區(qū)水庫、三角洲河網(wǎng)、伶仃洋等水域?qū)嵤┡c水質(zhì)監(jiān)測同步的生物監(jiān)測、魚類調(diào)查和蠔業(yè)生產(chǎn)調(diào)查。利用生物群落結(jié)構、生物多樣性指數(shù)和水質(zhì)指示生物的特性，總結(jié)出適合珠江三角洲的生物監(jiān)測的方法，評價水質(zhì)污染程度。我們還合理地運用各種新型分析儀器和技術，形成了與水環(huán)境相關的水生動物、水生植物、底棲動物、著生生物、生物體殘毒的監(jiān)測分析能力，積累了大量的經(jīng)驗和寶貴資料。

同時，我們也關注到G內(nèi)已有許多學者在利用生物方法監(jiān)測水環(huán)境方面做了大量的嘗試。如黃河蘭州段：底棲動物的種群分布和變化規(guī)律及與其相關的化學指標和水文特點的關系，總結(jié)出水生生物消長規(guī)律，對黃河蘭州段水質(zhì)進行生物學評價；蘇州河：著生生物群落結(jié)構的生態(tài)學變化與水質(zhì)的關系；黃浦江：著生藻類群落在水質(zhì)監(jiān)測中的應用，利用著生生物群落動態(tài)變化監(jiān)測水質(zhì)的研究等等。我們樂意與各地同行交流切磋，使生態(tài)學理論與環(huán)境監(jiān)測技術方法密切結(jié)合，篩選出適合本地水域的指示生物和群落生物學指標，建立生態(tài)監(jiān)測指標體系，使水質(zhì)監(jiān)測手段更加完善。